Fisica Statistica e Applicazioni Interdisciplinari
Missione specifica
Fisica statistica dei sistemi disordinati, neuroscienze computazionali e biologia computazionale, problemi dinamici inversi, algoritmi distribuiti per l'ottimizzazione, problemi di soddisfacimento di vincoli e inferenza statistica, teoria dell'informazione, apprendimento automatico, ripiegamento di proteine, dinamica di sistemi cellulari, modellizzazione della regolazione post trascrizionale, ottimizzazione e controllo di processi dinamici su reti, proprietà di non equilibrio e di fissazione in popolazioni strutturate, giochi grafici e interazioni socio-economiche, fisica statistica della segnalazione cellulare e dinamica della membrana cellulare, metodi statistici per l'inferenza di proprietà strutturali delle proteine da dati di coevoluzione, ricostruzione di pathways di segnalazione da perturbazioni multifarmaco. Si vedano le pagine web dei singoli ricercatori per i dettagli degli specifici obiettivi.
Principali linee di ricerca
- Biologia computazione e neuroscienze computazionali
- Approcci variazionali in meccanica statistica
- Teoria dei vetri di spin
- Inferenza statistica, ottimizzazione e algoritmi distribuiti
- Problemi inversi
- Ripiegamento delle proteine: predizione di contatti e dinamica
- Fisica di non equilibrio in modelli grafici e sistemi biologici
- Teoria dei giochi nelle reti
- Segnalazione cellulare
- Dinamica della membrana cellulare
Principali collaborazioni
- Italian Institute for Genomic Medicine: computational biology
- Microsoft Research New England: algorithms for computational biology
- Ecole Normale Supérieure: Statistical Physics in neuroscience
- MIT Bio-engineering lab: inference of signalling pathways
- Politecnico di Torino: Neural Engineering and Computation Lab
- University of Chicago: computational neuroscience
- Molecular Biology Center Turin: post-transcriptional regulation
- SISSA, Trieste: stochastic population dynamics, non-equilibrium physics
- BIFI Institute, Zaragoza: protein folding dynamics
- University of Cambridge: dinamica del ripiegamento delle proteine
- Université Pierre et Marie Curie, CNRS: inferenza e coevoluzione
- Bocconi University: reti socio-economiche
- Università di Torino: metabolismo cellulare
- Universidad Nacional Autónoma del Mexico: inferenza ed elaborazione di immagini mediche
- Candiolo Cancer Institute: segnalazione cellulare, dinamica della membrana cellulare
- Landau Institute for Theoretical Physics, Chernogolovka, Russian Federation: dinamica della membrana cellulare
Progetti e pubblicazioni
-
Selezione di progetti di ricerca finanziati
-
STATISTICAL INFERENCE VIA BELIEF PROPAGATION FOR DYNAMICAL MODELS OF EPIDEMICS
BRAUNSTEIN ALFREDO
2015 - 2017 (Concluso)
-
STATISTICAL INFERENCE VIA BELIEF PROPAGATION FOR DYNAMICAL MODELS OF EPIDEMICS
-
Selezione di pubblicazioni recenti
2021
-
Optimality in Self-Organized Molecular Sorting
articolo
Zamparo, M.; Valdembri, D.; Serini, G.; Kolokolov, I. V.; Lebedev, V. V.; Dall'Asta, L.; Gamba, A.
PHYSICAL REVIEW LETTERS
American Physical Society
Vol.126 pp.7 ISSN:0031-9007 DOI:10.1103/PhysRevLett.126.088101
-
An analytic approximation of the feasible space of metabolic networks
articolo
Braunstein, Alfredo; Muntoni, ANNA PAOLA; Pagnani, Andrea
NATURE COMMUNICATIONS
Nature Publishing Group
Vol.8 pp.9 ISSN:2041-1723 DOI:10.1038/ncomms14915
-
Network dismantling
articolo
Braunstein, Alfredo; Dall'Asta, Luca; Semerjian, Guilhem; Zdeborová, Lenka
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
National Academy of Sciences
Vol.113 pp.6 (pp.12368-12373) ISSN:0027-8424 DOI:10.1073/pnas.1605083113 -
Simultaneous identification of specifically interacting paralogs and interprotein contacts by direct coupling analysis
articolo
Gueudre, Thomas; Baldassi, Carlo; Zamparo, Marco; Weigt, Martin; Pagnani, Andrea
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
National Academy of Sciences
Vol.113 pp.6 (pp.12186-12191) ISSN:0027-8424 DOI:10.1073/pnas.1607570113
-
Three-dimensional chemotaxis-driven aggregation of tumor cells
articolo
Puliafito, Alberto; De Simone, Alessandro; Seano, Giorgio; Gagliardi, Paolo Armando; Di Blasio, Laura; Chianale, Federica; Gamba, ANDREA ANTONIO; Primo, Luca; Celani, Antonio
SCIENTIFIC REPORTS
Nature
Vol.5 pp.12 ISSN:2045-2322 DOI:10.1038/srep15205
-
Network Controllability Is Determined by the Density of Low In-Degree and Out-Degree Nodes
articolo
Menichetti, Giulia; Dall'Asta, Luca; Bianconi, Ginestra
PHYSICAL REVIEW LETTERS
American Physical Society (APS)
Vol.113 pp.5 (pp.1-5) ISSN:0031-9007 DOI:10.1103/PhysRevLett.113.078701 -
Containing Epidemic Outbreaks by Message-Passing Techniques
articolo
Altarelli, Fabrizio; Braunstein, Alfredo; Dall'Asta, Luca; Wakeling, J. R.; Zecchina, Riccardo
PHYSICAL REVIEW. X
American Physical Society (APS)
Vol.4 pp.21 ISSN:2160-3308 DOI:10.1103/PhysRevX.4.021024 -
Bayesian Inference of Epidemics on Networks via Belief Propagation
articolo
Altarelli, Fabrizio; Braunstein, Alfredo; Dall'Asta, Luca; Alejandro Lage, Castellanos; Zecchina, Riccardo
PHYSICAL REVIEW LETTERS
APS American Physical Society
Vol.112 pp.5 ISSN:0031-9007 DOI:10.1103/PhysRevLett.112.118701 -
Fast and Accurate Multivariate Gaussian Modeling of Protein Families: Predicting Residue Contacts and Protein-Interaction Partners
articolo
Baldassi, Carlo; Zamparo, Marco; Feinauer, Christoph; Procaccini, A.; Zecchina, Riccardo; Weigt, R.; Pagnani, Andrea
PLOS ONE
PLOS
Vol.9 pp.12 ISSN:1932-6203 DOI:10.1371/journal.pone.0092721
-
Genome-wide analysis identifies a functional association of Tet1 and Polycomb repressive complex 2 in mouse embryonic stem cells
articolo
Francesco, Neri; Danny, Incarnato; Anna, Krepelova; Stefania, Rapelli; Pagnani, Andrea; Zecchina, Riccardo; Caterina, Parlato; Salvatore, Oliviero
GENOME BIOLOGY
BIOMED CENTRAL LTD
Vol.14 pp.13 ISSN:1474-760X DOI:10.1186/gb-2013-14-8-r91 -
Polarity, cell division, and out-of-equilibrium dynamics control the growth of epithelial structures
articolo
B., Cerruti; A., Puliafito; A. M., Shewan; W., Yu; A. N., Combes; M. H., Little; F., Chianale; L., Primo; G., Serini; K. E., Mostov; A., Celani; Gamba, ANDREA ANTONIO
THE JOURNAL OF CELL BIOLOGY
The Rockefeller University Press
Vol.203 pp.14 (pp.359-372) ISSN:0021-9525 DOI:10.1083/jcb.201305044 -
Optimizing spread dynamics on graphs by message passing
articolo
Altarelli, Fabrizio; Braunstein, Alfredo; Dall'Asta, Luca; Zecchina, Riccardo
JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS: THEORY AND EXPERIMENT
IOP Publishing Ltd and SISSA Medialab srl
Vol.2013 pp.25 ISSN:1742-5468 DOI:10.1088/1742-5468/2013/09/P09011 -
Modelling Competing Endogenous RNA Networks
articolo
Bosia, C; Pagnani, Andrea; Zecchina, Riccardo; Bosia, Carla
PLOS ONE
PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 1160 BATTERY STREET, STE 100, SAN FRANCISCO, CA 94111 USA
Vol.8 pp.13 ISSN:1932-6203 DOI:10.1371/journal.pone.0066609 -
Integrated transcriptional and competitive endogenous RNA networks are cross-regulated in permissive molecular environments
articolo
Ala, U.; Karreth, F. A.; Bosia, C.; Pagnani, Andrea; Taulli, R.; Léopold, V.; Tay, Y.; Provero, P.; Zecchina, Riccardo; Pandolfi, P. P.
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
United States National Academy of Sciences (United States)
Vol.110 pp.6 (pp.7154-7159) ISSN:0027-8424 DOI:10.1073/pnas.1222509110
-
Optimality in Self-Organized Molecular Sorting